Các phiên bản có màu thân xe mới, ngoài ra không có thay đổi gì ở thiết kế và động cơ. Trong đó đáng kể là phiên bản Mugen Motorsports, đã xuất hiện những năm trước với số lượng nhỏ cho thị trường Thái Lan, sẽ xuất hiện trên nhiều thị trường châu Á vào đầu năm sau.

Honda CBR250R phiên bản Mugen.

CBR250R Mugen mang màu sơn chủ đạo là đen và đỏ. Màu đỏ nổi bật ở bộ tem chéo thân xe, chắn bùn và yên xe thể thao. Các chi tiết còn lại đều màu đen. Chỉ có một số bộ phận nhỏ như đĩa phanh, gác chân là mang màu bạc kim loại.

Mugen Motorsports thành lập năm 1973 bởi Hirotoshi Honda, con trai của Soichiro Honda, nhà sáng lập ra hãng xe Nhật. Mugen chuyên sản xuất phụ tùng cho Honda. Trong tiếng Nhật, "Mugen" có nghĩa là không có giới hạn. Tuy có quan hệ huyết thống nhưng Mugen Motorsports lại không thuộc sở hữu của Honda mà hoạt động độc lập, cổ đông lớn nhất là Hirotoshi Honda.

Cỗ máy của CBR250R vẫn là khối động cơ xi-lanh đơn DOHC 250 phân khối, phun xăng điện tử, làm mát bằng dung dịch, công suất 26 mã lực tại vòng tua máy 10.250 vòng/phút, mô-men xoắn cực đại 23 Nm. Hộp số 6 cấp, mức tiêu hao nhiên liệu khoảng 3,7 lít/100 km.

Ba phiên bản màu còn lại là màu Repsol, trắng-xanh-đỏ và đen. Tại Malaysia, CBR250R Mugen Motorsports Edition có giá gần 6.400 USD.